Las Partes Contratantes aplican la Convención sobre los Humedales en sus territorios y colaboran en los proyectos compartidos. El organismo gubernamental encargado de su aplicación nacional se conoce como la Autoridad Administrativa del país. Este organismo designa un Coordinador Nacional para coordinar la aplicación nacional que actúa como punto de contacto diario.
Cada tres años las Partes se reúnen en la Conferencia de las Partes Contratantes (COP), donde adoptan decisiones para administrar la Convención y orientar su aplicación.
Entre COP y COP, las Partes están representadas por el Comité Permanente, que se reúne una vez al año. El Comité Permanente se guía por el marco de las decisiones adoptadas por la COP.
Dos órganos asesores elaboran orientaciones técnicas para ayudar al Comité Permanente y la COP a formular las políticas, a saber, el Grupo de Examen Científico y Técnico (GECT) y el Grupo de supervisión de las actividades de Comunicación, Educación, Concienciación y Participación (CECoP).
Todos ellos cuentan con el apoyo de la Secretaría de la Convención y su variada gama de asociados, entre ellos las Organizaciones Internacionales Asociadas (OIA), entidades a las que las Partes han reconocido formalmente como asociadas oficiales de la Convención.
El alcance y las metas de la labor de la Convención se coordinan por medio de un Plan Estratégico y los planes de trabajo conexos, que establecen objetivos prioritarios y las medidas previstas o solicitadas para los distintos órganos de la Convención.
